蔡锷治军严明，并以身作则。他在云南都督任内，曾令参谋部汇考中外律例，制颁《简明军律》四十七条，内分“叛乱”、“擅权”、“辱职”、“抗命”、“暴乱胁迫”、“侮辱”、“逃逸”、“损坏军用物品”、“掠夺”、“关于俘虏之罪”及“违令”等十一章。并制颁《军队手牒》，强调军人“宜忠国家，宜敦信义，宜重俭朴，宜守纪律，宜尚武勇”。明确规定，“自宣布之后，一律实行”。又转发了南京临时政府陆军部关于严禁私自劝募军饷的命令。 在反袁护国期间，蔡锷本着开源节流的精神，始终坚持了护国第一军在四川前线抗拒北洋军的艰苦战斗。开始，由于军费困难，护国第一军推迟了自昆明向川南的进兵日期。出发时，所携带子弹，每一士兵平均仅300发，炮弹更少。至川南后，经作战两个月，消耗甚多。由于后方唐继尧未能及时接济，蔡部械弹及粮饷均极感拮据。蔡锷发函说：“所难者枪支破损，未能克日修理，衣服褴褛，未能换给；弹药未能悉加补充，而饷项已罄，乞灵无效。”1916年2月底，他不顾自己身患重病，从总司令部所在地永宁驰赴纳溪前线指挥，与士兵同甘共苦，坚持战斗。生活的艰苦，令人难以想像。他们“鏖战经月，日眠食于风雨之中，出入乎生死以外”，“平均每月睡觉不到三点钟。吃的饭是一半米一半砂硬吞”。后来蔡锷也致电梁启超“诉苦”说：“自滇出发以来，仅领滇饷两月。半年来，关于给养上后方毫无补充，以致衣不蔽体，食无宿粮，每月火食杂用，皆临时东凑西挪，拮据度日。”梁不日给蔡复电，感叹不已：“勘电卅奉，雒诵泪下。……弟之严明刻苦，真可敬也。”及至广西、广东、浙江等省宣布独立后，四川陈宦要求蔡锷拨给援军。蔡对此有苦难言，他在致戴戡等人的复电中说：“(陈)今竟求援于我，毋乃乞米于丐?” 护国军出师时有严明的军风纪，要求“一律严守军纪，保持秩序，勿失严整”；不得“乱入民家”；“购买须要公开，不得依势估压。”这样的军队。深受人民拥护，出现军民亲如一家的动人景象：护国第一军“出征以来，未滥招一兵，未滥收一钱，师行所至，所部士兵未擅取民间一草一木。”因之，在川南战斗中，所部连续“五月无饷，而将士不受馈一钱，蜀人爱戴之如骨肉也。”朱德也曾指出：“自滇以达蜀地，无不箪食而迎”。后来大总统黎元洪在为蔡锷国葬所致祭文中也以赞扬口吻说：“君故贫，靡有康食，而务敏于学，及御事至专阃，所入悉分赡隶军者。驭士卒严而有恩，皆乐为致死。”蔡锷这种艰苦奋斗、身先士卒的精神，感人至深，鼓舞了为共和而战夺取反袁胜利的广大官兵。