1645年至1646年间，清军先后攻灭南明弘光、 隆武政权，占踞了大半个中国。清政权为巩固统治，在江南大肆屠杀抗清力量，强行推行“剃发令”。 （即所谓的“留头不留发，留发不留头”）郑芝龙降清后，清军背信弃义，将他执往北京拘押，并攻入安平抢掠，郑成功之母田川氏不堪受辱身亡，面对深重的国难家仇，郑成功毅然举起抗清义旗。
　　隆武三年（清顺治之年，1646年）十二月初一， 郑成功在烈屿（今小金门）大会文武群臣, 他树起“杀父报国”的旗帜，誓师起兵, 他要凭自己的意气信心重振大明江山。参加大会的有大学士路振飞、曾樱、万年英、忠臣伯张进忠靖伯陈辉，忠振伯洪旭等90余人。 
　　在清廷势力强大、己方势单力薄的形势下， 郑成功敢于起兵反抗，主要有这么三种原因：一是郑成功自幼接受儒家正统教育，素有忠君报国的思想， 为感戴隆武帝对自己的知遇之恩，报国恨家仇。 二是郑成功家族是新兴的海商集团的代表。郑芝龙轻信被执，说明清廷时刻想吞并郑氏家族的资财，只有建立并保存自己的军事力量，才能维护自身的经济利益。 三是郑成功对形势有高人一筹的认识。认为清军虽然在北方所向披靡，但在闽疆到处山路崎岖，岛屿众多，骑兵优势不利发挥，而自己的舟师可以在海上纵横，以己之长制敌之短， 足与清军作长期周旋。
值得一提的是，近来，有的学者根据新发现的资料，对郑成功在烈屿起兵这一传统说法不予认同。厦门大学历史系老教授陈碧笙从《惠安王忠孝全集》和《台湾外纪》中考证认为，郑成功誓师起兵的地点在安平。有志究其详者，不妨再作一番辨证。