1659年6～7月间，郑成功率北伐大军溯长江西进，一路势如破竹，于7月上旬直逼南京，一时清廷为之震动。这是郑成功自起兵以来，抗清复明事业最辉煌的高潮。此时，清军的重要精锐均投在西南战场，如果郑成功攻克南京，其战略性的胜利可望改变往后的中国历史发展趋势。然而，由于迟缓了进攻时间，在各路清军的反攻下，郑成功军遭受重创，大好形势随之逆转，南明各地的抗清斗争也日益变得暗淡了。
　　7月初七，郑成功大军来到南京城外的观音门下。郑成功望着烟波浩淼的江面，巍峨屹立的钟山，抒发了壮怀激烈的豪情：“缟素临江誓灭胡，雄师十万气吞吴。试看天堑投鞭渡，不信中原不姓朱。”
　　初十，郑成功大军在仪凤门登岸，开始准备攻城。从捕获敌兵的情报中得知，南京城中守军薄弱，慑于郑军声威人心惶惶，危如累卵。 郑军各路将领纷纷向郑成功请战，要求早日攻城。但是，郑成功却认为，攻城的准备还不充分，拒绝了将领们速战速决的请求。
　　在郑军屯兵南京城下期间，长江周边地区纷纷归附，郑成功听到这些喜讯，派出人员四处慰抗。然而清军却乘此时机，从上游、下游调集几路精兵驰援。
　　22日，就在郑成功部署对南京总攻之际，清军抢先向郑军发动反击，利用郑军在调度协调上的漏洞，用猛烈的炮火和冲锋，击溃郑军的抵抗。郑成功见大势已去，只得率残军登船撤离。此战郑军损失过半，元气大伤，从此再也无力进行战略性进攻，同清军作全面抗衡。
　　有关郑成功兵败南京的原因，后人众说纷纭。郑成功的户官杨英记述，郑成功未能及时攻城，是因为他感觉尚未准备充分，并且还等待原有降意的清将马进宝兵马接应。也有人认为，郑成功陆军战斗力不强，缺乏攻坚能力。郑成功是企望通过围城打援消灭来援敌军以迫使城中守军投降，还有的说是郑成功骄傲轻敌，误信城内守军关于“守城三十日失守，不再罪及妻孥”的诡计。透过众多的史籍，人们所看到的郑成功, 简直就是一个性格矛盾复杂交织的混合体。他熟读孙吴兵法，深知兵贵神速的道理，然而大兵临城却裹足不前。他性格果断,敢做敢为，然而似乎为了避免一场血战而企望以困逼降。他治军严谨，当断即断，然而在临阵换将时却轻信余新又收回成命……。一连串的矛盾交织，使一个原本能够得手的辉煌胜机，令人遗憾地滑落了。